Di
Indonesia Bioinformatika masih belum dikenal oleh masyarakat luas. Di kalangan
peneliti sendiri, mungkin hanya para peneliti biologi molekuler yang sedikit banyak
mengikuti perkembangannya karena keharusan menggunakan perangkat-perangkat
Bioinformatika untuk analisa data.
Secara
umum, Bioinformatika dapat digambarkan sebagai: segala bentuk penggunaan
komputer dalam menangani informasi-informasi biologi. Dalam prakteknya,
definisi yang digunakan oleh kebanyakan orang bersifat lebih terperinci.
Bioinformatika menurut kebanyakan orang adalah satu sinonim dari komputasi biologi
molekul (penggunaan komputer dalam menandai karakterisasi dari komponen komponen
molekul dari makhluk hidup).
Pengertian
Secara Khusus
·
Bioinformatika "klasik"
Definisi
Bioinformatika menurut Fredj Tekaia dari Institut Pasteur [TEKAIA2004] adalah:
"metode matematika, statistik dan komputasi yang bertujuan untuk
menyelesaikan masalah-masalah biologi dengan menggunakan sekuen DNA dan asam
amino dan informasi-informasi yang terkait dengannya."
·
Bioinformatika "baru"
Salah
satu pencapaian besar dalam metode Bioinformatika adalah selesainya proyek
pemetaan genom manusia (Human Genome Project). Selesainya proyek raksasa tersebut
menyebabkan bentuk dan prioritas dari riset dan penerapan Bioinformatika berubah.
Secara umum dapat\ dikatakan bahwa proyek tersebut membawa perubahan besar pada
sistem hidup kita, sehingga sering disebutkan --terutama oleh ahli biologi-- bahwa
kita saat ini berada di masa pascagenom.
Apa yang
disebut orang sebagai research informatics atau medical informatics,
manajemen dari semua data eksperimen biomedik yang berkaitan dengan molekul
atau pasien tertentu --mulai dari spektroskop massal, hingga ke efek samping
klinis—akan berubah dari semula hanya merupakan kepentingan bagi mereka yang
bekerja di perusahaan obat-obatan dan bagian TI Rumah Sakit akan menjadi jalur
utama dari biologi molekul dan biologi sel, dan berubah jalur dari komersial
dan klinikal ke arah akademis.
Sejarah
Istilah bioinformatics mulai dikemukakan pada
pertengahan era 1980-an untuk mengacu pada penerapan komputer dalam biologi.
Namun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika(seperti pembuatan
basis data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologis) sudah dilakukan
sejak tahun 1960-an. Kemajuan teknik biologi molekular dalam mengungkap sekuens
biologis dari protein (sejak awal 1950-an) dan asam nukleat(sejak 1960-an)
mengawali perkembangan basis data dan teknik analisis sekuensbiologis. Basis
data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960-an di Amerika Serikat, sementara
basis data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970-an di Amerika Serikatdan
Jerman(pada European Molecular Biology Laboratory , Laboratorium Biologi
Molekular Eropa).Penemuan teknik sekuensingDNA yang lebih cepat pada
pertengahan 1970-an menjadi landasanterjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang
berhasil diungkapkan pada 1980-an dan 1990-an, menjadisalah satu pembuka jalan
bagi proyek-proyek pengungkapan genom, meningkatkan kebutuhan akanpengelolaan
dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.
Bidang Yang Terkait Bioinformatika
1. Biophysics
Merupakan sebuah bidang interdisiplier yang
mengaplikasikan teknik-teknik dari ilmu fisika untuk memahami struktur dan ilmu
biologi. Ilmu ini terkait dengan bioinformatika karena untuk mengenal
teknik-teknik dari ilmu fisika untuk memahami struktur tersebut membutuhkan
penggunaan TI.
2.
Computational Biology
Bidang ini merupakan bagian dari bioinformatika
yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik. Fokus dari Computational
Biology adalah gerak evolusi, populasi, dan biologi teoritis daripada biomedis
dalam molekul dan sel. Pada penerapan bidang ini model-model statistika untuk
fenomena biologi lebih di pakai dibandingkan dengan model sebenarnya.
3. Medical Informatics
Merupakan sebuah disiplin ilmu yang baru yang
didefinisikan sebagai pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur
dan algoritma untuk meningkatkan komunikasi, pengertian, dan manajemen
informasi medis. Disiplin ilmu ini, berkaitan dengan data-data yang didapatkan
pada level biologi yang lebih “rumit”, dimana sebagian besar bioinformatika
lebih memperhatikan informasi dari sistem dan struktur biomolekul dan seluler.
4. Proteomics
Pertama kali digunakan utnuk menggambarkan
himpunan dari protein-protein yang tersusun oleh genom. Mengkarakterisasi
banyaknya puluhan ribu protein yang dinyatakan dalam sebuah tipe sel yang
diberikan pada waktu tertentu melibatkan tempat penyimpanan dan perbandingan
dari data yang memiliki jumlah yang sangat besar, tak terhindarkan lagi akan
memerlukan bioinformatika.
5. Genomics
Adalah bidang ilmu yang ada sebelum selesainya
sekuen genom, kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap
usaha untuk menganalisa atau membandingakna seluruh komplemen genetik dari satu
spesies atau lebih.
Bioinformatika dalam Dunia Kedokteran
1.
Bioinformatika dalam bidang klinis
Perananan Bioinformatika dalam bidang klinis
ini sering juga disebut sebagai informatika klinis (clinical informatics).
Aplikasi dari clinical informatics ini adalah berbentuk manajemen data-data
klinis dari pasien melalui Electrical Medical Record (EMR) yang dikembangkan
oleh Clement J.
2.
Bioinformatika untuk penemuan obat
Penemuan obat yang efektif adalah penemuan
senyawa yang berinteraksi dengan asam amino yang berperan untuk aktivitas
(active site) dan untuk kestabilan enzim tersebut. Karena itu analisa struktur
dan fungsi enzim ini biasanya difokuskan pada analisa asam amino yang berperan
untuk aktivitas (active site) dan untuk kestabilan enzim tersebut.. Dengan
adanya Bioinformatika, data-data protein yang sudah dianalisa bebas diakses
oleh siapapun, baik data sekuen asam amino-nya seperti yang ada di SWISS-PROT
(http://www.ebi.ac.uk/swissprot/) maupun struktur 3D-nya yang tersedia di
Protein Data Bank (PDB) (http://www.rcsb.org/pdb/). Dengan database yang
tersedia ini, enzim yang baru ditemukan bisa dibandingkan sekuen asam
amino-nya, sehingga bisa diperkirakan asam amino yang berperan untuk active
site dan kestabilan enzim tersebut. Hasil perkiraan kemudian diuji di
laboratorium. Dengan demikian, akan lebih menghemat waktu dari pada analisa secara
random.
Sumber Referensi :
Witarto , Bioinformatika: Mengawinkan Teknologi
Informasi dengan Bioteknologi Trendnya di Dunia dan Prospeknya
di Indonesia, [online], (https://witarto.wordpress.com/2008/01/16/bioinformatika-mengawinkan-teknologi-informasi-dengan-bioteknologi-trendnya-di-dunia-dan-prospeknya-di-indonesia/,
diakses tanggal 7 oktober 2016 )
Witarto , BIOINFORMATIKA: Perkembangan,
Disiplin Ilmu dan Penerapannya di Indonesia, [online], (ftp://202.125.94.81/pub/linux/docs/v06/Kuliah/SistemOperasi/2003/50/Bioinformatika.pdf
, diakses tanggal 7 oktober 2016 )
Tidak ada komentar:
Posting Komentar